元至元十三年(1276)，设两浙大都督府，又改设安抚司，十五年(1278)升杭州路，为江浙行省省会。

明代改杭州路为杭州府，为浙江承宣布政使司治所。

清世祖顺治2年(1645年)，置浙江巡抚，驻杭州，圣祖康熙元年(1662年)，浙江承宣布政使司改为浙江行省，杭州为省会。

清初，在杭州城西沿西湖一带建造“旗营”，俗称“满城”。城墙周围十里，南至今开元路，北靠法院路，东临中山中路附近，西面包括湖滨公园，并辟有六座城门，总占地1436亩，成为杭州的“城中城”（民国初年拆除）。雍正二年（1724）、嘉庆五年（1800），浙江总督李卫、巡抚阮元先后再次疏浚西湖，挖起大量葑泥，使湖水加深数尺。杭州人口有续增加。光绪九年（1883），杭州城内有62万余人。光绪二十一年，清政府在中日战争中失败，被迫签订《马关条约》，杭州开为日本通